Le tecnologie che generano meno profitti, ma sono migliori per l’ambiente di solito vengono implementate solo quando gli operatori ricevono un incentivo sotto forma di sovvenzioni o politiche li costringono a farlo. Nel caso dei sistemi acquaponici a ciclo unico, l’appello risiede nella nuova tecnologia e nell’approccio del sistema all’uso sostenibile delle risorse piuttosto che nel suo potenziale economico. Tuttavia, le recenti pubblicazioni forniscono prove di un aumento della produzione: i verdi a foglia verde crescono meglio in ambienti disaccoppiati rispetto ai sistemi idroponici sterili (Delaide et al. 2016; Goddek e Vermeulen 2018) e la lattuga nei sistemi acquaponici disaccoppiati hanno avuto un vantaggio di crescita di circa il 40% rispetto allo stato di approcci idroponici all’arte.
Anche se ci si può aspettare tassi di crescita più elevati, i sistemi acquaponici multi-loop sono ancora molto più complessi dei sistemi idroponici e sono necessari investimenti iniziali significativi per l’attuazione. La maggior parte delle località geografiche richiede una serra ad alta tecnologia per controllare le condizioni ambientali (cioè un’umidità relativa dell'80%, temperature costanti di circa 20 °C). Le fonti di energia rinnovabili possono essere utilizzate per il raffreddamento e il riscaldamento, ma attualmente tali sistemi sono redditizi solo quando si installano su larga scala (cioè\ > 1 ha) dove prevalgono buone condizioni di mercato.