Les bactéries indésirables
Bactéries réduisant les sulfates
Les bactéries nitrifiantes et minéralisantes sont utiles pour les systèmes aquaponiques, mais d’autres types de bactéries sont nocives. L’un de ces groupes nuisibles de bactéries est le groupe réducteur de sulfate. Ces bactéries se trouvent dans des conditions anaérobies (pas d’oxygène), où elles obtiennent de l’énergie par une réaction redox utilisant du soufre. Le problème est que ce procédé produit du sulfure d’hydrogène (H2S), qui est extrêmement toxique pour les poissons. Ces bactéries sont communes, présentes dans les lacs, les marais salants et les estuaires du monde entier, et font partie du cycle naturel du soufre. Ces bactéries sont responsables de l’odeur des œufs pourris, ainsi que de la couleur gris-noir des sédiments. Le problème en aquaponie réside dans le fait que les déchets solides s’accumulent à un rythme plus rapide que les bactéries hétérotrophes et la communauté associée peuvent les traiter et les minéraliser efficacement, ce qui peut à son tour conduire à des conditions anoxiques purulentes qui soutiennent ces bactéries réductrices de sulfate. Dans les systèmes à haute densité de poissons, les poissons produisent tellement de déchets solides que les filtres mécaniques ne peuvent pas être nettoyés assez rapidement, ce qui encourage ces bactéries à se multiplier et à produire leurs métabolites nocifs. Les grands systèmes aquaponiques contiennent souvent un réservoir de dégazage où le sulfure d’hydrogène peut être rejeté en toute sécurité dans l’atmosphère. Le dégazage n’est pas nécessaire dans les systèmes à petite échelle. Cependant, même dans les systèmes à petite échelle, si une odeur grossière est détectée, rappelant des œufs pourris ou des eaux usées brutes, il est nécessaire de prendre des mesures de gestion appropriées. Ces bactéries ne poussent que dans des conditions anoxiques, afin de les prévenir, assurez-vous de fournir une aération adéquate et d’augmenter la filtration mécanique pour empêcher l’accumulation de boues.
Dénitrifier les bactéries
Un deuxième groupe de bactéries indésirables sont les responsables de la dénitrification. Ces bactéries vivent également dans des conditions anaérobies. Ils convertissent le nitrate, qui est l’engrais convoité pour les plantes, en azote atmosphérique qui n’est pas disponible pour les plantes. Ces bactéries sont également communes dans le monde entier et sont importantes à part entière (voir figure 2.4). Cependant, dans les systèmes aquaponiques, ces bactéries peuvent diminuer l’efficacité en éliminant efficacement l’engrais azoté. C’est souvent un problème avec les grands lits DWC qui ne sont pas suffisamment oxygénés. Un problème pourrait être suspecté lorsque les plantes présentent des signes de carence en azote malgré l’équilibre du système, et lorsqu’il y a une très faible concentration de nitrates dans l’eau. Examiner les zones possibles dans les canaux DWC qui ne circulent pas correctement, et augmenter encore l’aération avec des pierres d’air.
Certains grands systèmes aquaponiques utilisent délibérément la dénitrification. Le rapport de débit alimentaire équilibre les nutriments des plantes, mais entraîne généralement des niveaux élevés de nitrates. Ce nitrate peut être dilué lors des échanges d’eau (suggéré dans cette publication pour les systèmes à petite échelle). Alternativement, la dénitrification contrôlée peut être encouragée dans le filtre mécanique. Cette technique nécessite une attention particulière et un dégazage, et n’est pas recommandée pour les petits systèmes. Vous trouverez de plus amples renseignements dans la section « Autres lectures ».
Bactéries pathogènes
Un dernier groupe de bactéries indésirables sont celles qui causent des maladies chez les plantes, les poissons et les humains. Ces maladies sont traitées séparément dans d’autres parties de la présente publication, les chapitres 6 et 7 traitant respectivement de la maladie des plantes et du poisson et de la section 8.6 traitant de la sécurité humaine. Dans l’ensemble, il est important qu’il existe de bonnes pratiques agricoles (BPA) qui atténuent et minimisent le risque de maladies bactériennes dans les systèmes aquaponiques. Empêcher les agents pathogènes d’entrer dans le système en assurant une bonne hygiène des travailleurs ; en empêchant les rongeurs de déféquer dans le système ; en éloignant les mammifères sauvages (ainsi que les chiens et les chats) des systèmes aquaponiques ; en évitant d’utiliser de l’eau contaminée ; et en sachant que tout aliment vivant peut être un vecteur d’introduction d’étrangers micro-organismes dans le système. Il est particulièrement important de ne pas utiliser la collecte d’eau de pluie sur les toits avec des excréments d’oiseaux à moins que l’eau ne soit traitée en premier. Le principal risque associé aux animaux à sang chaud est l’introduction de Escherichia coli, et les oiseaux portent souvent Salmonella spp. ; des bactéries dangereuses peuvent pénétrer dans le système avec des excréments d’animaux. Deuxièmement, après la prévention, ne laissez jamais l’eau aquaponique entrer en contact avec les feuilles des plantes. Cela évite de nombreuses maladies des plantes ainsi que la contamination potentielle de l’eau du poisson pour les produits humains, surtout si le produit doit être consommé cru. Toujours laver les légumes avant consommation, aquaponique ou autre. Généralement, le bon sens et la propreté sont les meilleurs gardes contre les maladies de l’aquaponie. D’autres sources pour la salubrité des aliments aquaponiques sont fournies tout au long de la présente publication et dans la section « Autres lectures ».
*Source : Organisation des Nations Unies pour l’alimentation et l’agriculture, 2014, Christopher Somerville, Moti Cohen, Edoardo Pantanella, Austin Stankus et Alessandro Lovatelli, production alimentaire aquaponique à petite échelle, http://www.fao.org/3/a-i4021e.pdf. Reproduit avec la permission. *